ومن المعروف عن كوفي عنان ايضا معارضته غزو العراق عام 2003 والبرنامج النووي الايراني.

وقد تقاعد كوفي عنان في 31 ديسمبر 2006، وقبل عدة اشهر، ألقى كلمة وداع لزعماء العالم في مقر الامم المتحدة بنيويورك، وحدّد المشاكل الرئيسية للاقتصاد العالمي واصفا إياه بـ”الظالم” كما شنّ هجوما على سياسة الدول الكبرى بالكيل بمكيالين في ما يتعلق بحقوق الانسان مشيرا الى أن التضامن العالمي هو امر ضروري لنشر الاستقرار والازدهار.

وبعد تقاعده، عاد كوفي عنان الى غانا وانخرط هناك مع عدد من منظمات المجتمع المدني وتم اختياره لقيادة تشكيل التحالف من اجل ثورة خضراء في افريقيا، واصبح عضوا من بين الحكماء العالميين وعُيّن رئيس المنتدى الانساني العالمي في جنيف، وفي عام 2009، انضم كوفي عنان لبرنامج جامعة كولومبيا في مدرسة الجامعة للشؤون الدولية والعامة.

وفي فيفري 2012، تم تعيين كوفي عنان مبعوثا للجامعة العربية المتحدة الى سوريا في محاولة لانهاء الحرب بها وقال انه وضع خطة من ست نقاط من اجل السلام، واستقال من هذا المنصب، لافتا الى انه لم يقدر علي عناد كلا من الحكومة السورية والمعارضة، مقرا بفشل مجلس الامن في إيجاد حل سلمي للأزمة السورية.