- عدم سيطرة إدارة المعاهد العليا والكليات على الهياكل التي يمثلها المرشحون مما نتج عنه بروز خطاب سياسوي حزبي كالذي شهدته كلية الحقوق والعلوم السياسية بتونس قبل وأثناء يوم الاقتراع.
- غياب الأمن خارج حرم المؤسسات الجامعية بنسبة %90 خاصة التي جدت فيها اشتباكات ككليتي الآداب والعلوم الإنسانية بتونس وسوسة وكليتي الحقوق بصفاقس وسوسة.
- ضعف الإطار القانوني لهذه الانتخابات، ويتجلى ذلك خصوصا من خلال ما جد في كلية الحقوق بصفاقس. اذ تساوى عدد أصوات المرشحين عن مرحلة الماجستير بــ77 صوتا لكلى الطرفين، فالتجأ العميد (حسب المنشور الوزاري المنظم للانتخابات) للقرعة مما نتج عنه احتجاج من طرف أحد المرشحين وصل حد تبادل العنف.
- توقف عمليات الاقتراع والفرز في عديد المناسبات نتيجة للاشتباكات في كل من كلية الآداب والعلوم الإنسانية بسوسة والمعهد العالي للدراسات القانونية بقابس.
- عدم احترام الصمت الانتخابي في المؤسسات الجامعية بنسبة %95 إضافة إلى عدم احترام أوقات فتح وغلق مكاتب الاقتراع في كل من كلية العلوم بتونس والمعهد العالي للدراسات القانونية بقابس.
- رصد إمكانية تصويت طلبة غير تابعين للمؤسسة الجامعية بكلية العلوم بتونس مستغلين في ذلك تأخر حصول طلبة مرحلة الدكتوراه على بطاقة الطالب، ما شكل عائقا للتأكد من انتمائهم للمؤسسة.
- عدم مراعاة خصوصيات الطلبة الأجانب الذين نالوا حقهم في الانتخاب هذه السنة، حيث كانت كل المعلقات المسهلة لعملية الانتخاب باللغة العربية دون سواها.
ودعت “أنا يقظ” الوزارة وإدارات الجامعات والمعاهد العليا والكليات الى تجنّب الإخلالات المذكورة في المستقبل عبر تحسين الإطار القانوني للانتخابات، حاثّة الاتحاد العام لطلبة تونس والاتحاد العام التونسي للطلبة على تحمّل مسؤوليّاتهم في عدم الزج بالمؤسسات الجامعية في نزاعات سياسوية وحزبية والتركيز على مطالب منظوريهم بما يضمن مصلحة الطلبة والجامعة التونسية.